Một số tin đồn đã tồn tại suốt nhiều thế kỷ, chủ yếu là về những bữa tiệc xa hoa và trụy lạc do nhà Borgia thường xuyên tổ chức. Nhiều người đương thời đã cáo buộc cô loạn luân với anh trai là Cesare, đầu độc và sát hại đối thủ của cha lẫn vài người tình của mình. Tuy nhiên đến nay, vẫn chưa có bất cứ bằng chứng nào đủ để xác thực những lời đồn này.

• Có tin đồn cho rằng thuốc độc mà Lucrezia dùng để đầu độc các đối thủ của gia tộc được giấu trong chiếc nhẫn lớn mà cô luôn đeo trên tay.
• Một bức tranh đầu thế kỷ 20 của Frank Cadogan Cowper treo trong phòng trưng bày nghệ thuật Tate Britain, vẽ lại khoảnh khắc Lucrezia thay thế cha cô - Giáo hoàng Alexander VI, tại một cuộc họp chính thức ở Vatican. Đây là sự kiện có thật.